« Des dossiers précédemment classifiés de Prague montrent que Ben Barka avait non seulement une relation étroite avec le Státní Bezpečnost (StB), le service de sécurité tchécoslovaque redouté, mais qu’il en a reçu des paiements substantiels, à la fois en espèces et en nature », indique le quotidien britannique.

L’affaire des liaisons, vraies ou supposées l’être, entre l’ancien opposant marocain et les services tchécoslovaques, n’a toutefois rien d’une révélation. Le 6 juillet 2007, L’Express avait indiqué que le fondateur de l’Union nationale des forces populaires (UNFP, ancêtre de l’USFP) était « un agent rémunéré des services secrets tchécoslovaques au début des années 1960« . « Ben Barka aurait été approché à Paris, dès avril 1960, par un membre du StB (services secrets tchécoslovaques, équivalent du KGB soviétique) », avait écrit le magazine français, en publiant des fac-similés de certaines pages d’un dossier qui en comptait au total 1 500, extrait des archives du StB par un journaliste tchèque, Petr Zidek. Sous le nom de code « Cheikh », Ben Barka aurait, des années durant, fourni des informations à divers officiers traitants ; informations transmises ensuite au KGB.

En guise de réaction, la famille de Mehdi Ben Barka s’était déclarée « profondément choquée » par « ces prétendues » révélations qui ne peuvent que porter atteinte à sa mémoire ». 

Le 29 octobre 1965 , alors que Ben Barka se rend à un rendez-vous à la brasserie Lipp à Paris, il est enlevé et son corps ne sera jamais retrouvé.